投稿日：2026.04.13 最終更新日：2026.04.13
【2026年最新】税務調査の流れは？何を聞かれる？最新システム「KSK2」を考慮した調査対策について
税務署から「調査に伺います」と電話が入ったーー。
何が起きるのか、いつ何を準備すればよいのか、当日はどう対応すればよいのか、通知を受けた直後は、こうした疑問が一度に押し寄せますよね。
税務調査とは、税務署が申告内容の正確性を確認するために行う調査です。法人・個人事業主を問わず、申告を行った事業者が対象になります。
本記事では、調査連絡が入ったら何が行われるのか、どのようなフローで調査が進むのかまで詳しく解説していきます！
- 事前通知から終了まで5ステップの全体フロー
- 調査当日の流れと調査官の動き
- やっていいこと・してはいけないことの具体的な行動指針
- 調査終了後の是認・修正申告・更正それぞれの手続き
- 修正申告時に加算税がかかる条件と対処法
南 彰悟
1986年3月6日生まれ。大分県出身。早稲田大学を卒業後、25歳で公認会計士試験に合格。大手監査法人に8年程勤める。2020年税理士登録。イデア総研税理士法人の副代表として活動する。
そもそも：税務調査が来たら何が起きる？
実際の税務調査がどのような順序で進むのか、5つのステップで整理します。それぞれのステップで何が起き、自分は何をすべきかを順番に確認していきましょう！
全体の流れは次の通りです。
- 事前通知を受け、調査の日時・税目・期間が伝えられる
- 日程の変更が必要な場合は協議をする
- 調査までに書類の準備と確認をする
- 調査当日は聞き取りと書類確認が行われる
- 調査後に是認・修正申告・更正のいずれかが通知される
以下で各ステップを詳しく解説します。
①事前通知：調査の「日時／税目／期間」が伝えられる
税務署はあらかじめ納税者に“調査を行う旨”を通知します。一般的には電話で行われ、その際に法定の通知事項が伝えられます。
国税通則法第74条の9では、通知すべき事項として次の項目が定められています。
- 調査を開始する日時
- 調査を行う場所
- 調査の目的
- 調査の対象となる税目
- 調査の対象となる期間
- 調査の対象となる帳簿書類その他の物件
- その他調査の適正かつ円滑な実施に必要なものとして政令で定める事項
税目と対象期間がわかれば、準備すべき書類の範囲がわかります。通知を受けたら、すぐに税理士へ連絡して日程調整・書類準備の方針を決めましょう。
②日付の確定：場合によっては「日程変更」が可能なケースも
通知が来たとはいえ、担当者がその日に対応できないケースもありますよね。そういった場合には、通知で示された調査日時は変更できることがあります。
国税庁パンフレットにも「合理的な理由がある場合には、調査日時の変更の協議を求めることができる」と明記されているように、出張・病気・決算期の繁忙などの事情があれば相談が可能となっています。
ただし、根拠のない先延ばしを繰り返すことは信頼低下につながるため、変更交渉は税理士経由で進めるのがスムーズです。
③書類準備
日程が決まったら、書類の整理を始めましょう。準備すべき書類は通知で示された税目と調査対象期間によって決まります。
法人税・消費税が対象の場合、主に次の書類を準備します。
- 申告書類：法人税・消費税の申告書（対象年度分）
- 帳簿関係：総勘定元帳・仕訳帳・現金出納帳・固定資産台帳・棚卸表・決算書
- 取引証憑：請求書・領収書・契約書・注文書・納品書
- 金融関係：通帳・預金明細（事業用）
法人の帳簿書類の保存義務は原則7年間、個人事業者は原則5年間（一定の帳簿は7年）です。
書類を揃えながら、次の3点も合わせて確認しておきましょう！
- 売上の計上時期（期末にずれが生じやすい）
- 経費の公私混同（代表者個人口座への入金、架空外注費）
- 在庫の計上（棚卸計上の漏れや誤り）
調査官に渡す前に書類のコピーを自社で取っておくと、後の確認に役立ちます。
④調査当日：「聞き取り」と「書類確認」がメイン
ここがメインとなる内容です。
調査当日は「書類の確認」に加えて「聞き取りによる調査」も行われます。具体的に『何について聞かれそうか？』については、事前に顧問税理士にも相談・確認しておくのがベストですが、忘れてはいけないのが『調査官側も、ある程度調査した上でアポイントを取っている』ということ。
つまりツッコミどころを用意した上で、調査に臨んでいるというわけです。
そのため当日の対応で守るべき4点を押さえておきましょう。
- 嘘をつかない／事実と異なる説明をしない
- 質問に限定して答える／聞かれていないことは話さない
- 帳簿等のコピーは事前に自社で取っておく
- 曖昧な回答を避ける／「確認してから回答します」が正解
税務調査の項目は多岐にわたりますから「全てを完璧に」というのは難しいこともあります。調査官が重要視しているのは、
- 故意に免れようとしていないか
- 指摘箇所を改善する“姿勢”はあるか
といった点です。そのため誠実に・正確に答え、万一指摘された箇所については、改善する姿勢を見せることも必要となります。
「余計なことを言ってしまう」という不安があれば、税理士に立ち会ってもらうのが最善です。
当日の調査官の動きや時間軸の詳細は、次のセクションで詳しく解説します。
2026年9月より、次世代の国税総合管理として『KSK2システム』というAIを活用して膨大な税務データを自動分析し、税務調査を劇的に厳格化・効率化する基幹システムの導入が告知されています。
これによりAIが異常値や不正パターンを瞬時に検知し、調査官が現場でリアルタイムにデータを参照できるため、小規模なミスも見逃されない「見逃しゼロ時代」が到来すると言われています。
そのため上でも解説したように、わずかな指摘であっても指導を受けた箇所については「改善の姿勢」を見せることも必要となるわけです。
⑤調査後に是認・修正申告・更正のいずれかが通知される
調査が終わると、結果は3つのいずれかに分かれます。
- 是認：問題なしと判断され、書面で通知が届いて調査完了
- 修正申告：調査で指摘を受け、納税者が自ら修正申告書を提出する
- 更正：修正申告を拒否した場合などに、税務署が強制的に課税額を修正する
修正申告をした場合、事前通知を受けた後の修正申告には、調査着手前であっても一定の過少申告加算税（5%〜。期限後申告の場合は無申告加算税）がかかります。修正申告書の納期限は提出した日そのものなので、提出日に不足税額を同時に納付する必要があります。
調査終了から最終的な結果通知まで数週間かかることもあります。税理士と確認しながら進めましょう。
調査当日は何をすればいい？
調査当日はどんな雰囲気で、何が行われるかについても具体的にお伝えします！
最初に行われるのは「事業概況の聞き取り」
最初の主な内容は「事業概況の聞き取り」です。事業内容・主要取引先・帳簿の管理方法などを確認する質問が行われます。
個別の帳簿を細かく確認するわけではなく、調査官が事業の全体像を把握するための質問が中心です。
上でも解説しているように、「聞かれた範囲で簡潔に答える」ことが対応において必要となります。説明を求められていないことまで自分から話してしまうと、調査官の関心が広がる原因になりますので、控えていただいてOKです。
「帳簿・領収書・通帳の照合」が行われる
続いて、帳簿・領収書・請求書・通帳などの具体的な確認が始まります。
調査官には「提示又は提出」を求める権限があり、必要な書類を示すことが求められます。（書類のコピーを求められることも）
疑問点があれば追加の説明を求められることもあります。
【もし指摘されたら…】一度“顧問税理士”に内容を相談するのがベスト！
大前提、もし指摘を受けた場合は、以後是正を行う必要があります。
一方で、内容によっては「指摘された金額がすべて正しいわけではない」というケースもあり、その判断は税理士との協議が不可欠となります。
指摘を受けた箇所を正す姿勢はもちろん大切になりますが、まずは税務顧問と一度内容を確認してから動くことをお勧めします。
まとめ：税務調査の流れを把握して、準備と当日対応の見通しを立てる
税務調査は、事前通知から結果通知まで5つのステップで進みます。
全体の流れを把握しておくことが、当日に落ち着いて対応するための土台になります。
- 税務調査は年間5万件以上実施されており、調査が来ること自体は珍しくない
- 当日は誠実に、かつ聞かれた範囲でのみ答えることが基本
- 是認・修正申告・更正のどのパターンも、税理士と一緒に内容を確認する
調査の流れを理解しても、実際に一人で対応しきれるかどうかは別の話です。「当日に何を聞かれるか」「どこまで答えればよいか」「修正申告は本当に必要か」まで。
こうした判断は、経験のある税理士がそばにいるかどうかで大きく変わります。
イデア総研税理士法人では、税務調査対応の知見をもとに事前通知から事後対応まで一貫してサポートいたします。
また当社では税務調査のような形式だった審査への対応だけでなく、『経営のパートナーであること』こそ、税務顧問としてあるべき姿だと考えています。
守りの税務はもちろん、攻めの経営まで、質の高い税務と確かな経営改善支援で、貴社の未来を共に伴走するパートナーとして尽力いたします。
ご不明点があればぜひ一度ご相談ください。
